80年代末期，服務型經濟社會對大學畢業生的需求增加，有見及此，馬會於1987至1992年間捐款逾19億港元興建本港第三所大學 - 香港科技大學。其後，馬會亦透過不同的捐款項目繼續支持科大的發展，包括於2013年成立的賽馬會高等研究院。多年來，馬會對科大的捐助逾25億港元。